Im Jahr 810, das als „Geburtsjahr“ der Stadt gilt, stand hier das regensburgische Benediktinerkloster „St. Salvator”.
St. Emmeram wurde ab etwa 1150 bis 1195 als Gotteshaus des adeligen Chorherrenstifts St. Emmeram erbaut. Außen noch deutlich zu erkennen ist, dass die Kirche ursprünglich eine kreuzförmige romanische Basilika war. Im 16. und 17. Jahrhundert
wurde sie mehrfach umgebaut, eingewölbt und im Inneren dem barocken Baustil angepasst.
Das bedeutendste Kunstwerk der Kirche ist die von den Gläubigen hoch verehrte spätgotische Spalatin-Madonna, die ursprünglich in der Wittenberger Schlosskirche, dem Ort des (angeblichen) Thesenanschlags von Martin Luther, stand. Georg Spalatin schenkte sie seiner Heimatstadt Spalt. Seit der letzten Generalsanierung der Kirche hat die Madonna an der linken Säule zum Choraufgang
ihren Platz.
Bemerkenswert sind ferner die Einheitlichkeit
der barocken Altäre von Jakob Engel, die 12 Apostelfiguren an den Säulen, einige Plastiken (besonders ein barocker St. Willibald an der linken hinteren Türe und ein St. Bonifatius von etwa 1480 auf
der Kanzel). Wohl aus dem frühen 14. Jahrhundert stammt das kleine Fresko eines Heiligen an der Säule gegenüber der Kanzel.
Von den Kirchenmusikern hoch geschätzt ist die Orgel des Schweizer Orgelbaumeisters Mathis (seit 1982).
